Bagamoyo var till en början en relativt obetydlig fiske- och handelsplats. Men under 1800-talet utvecklades den till att bli en av de viktigaste handelsplatserna längs Östafrikas kust.

Platsens historia påverkades mycket av persisk och arabisk handel, som hade pågått under mer än tusen år, fram till och med 1800-talet. Ön Zanzibar som ligger cirka fyra mil utanför kusten, var en del av denna utveckling. 1698 koloniserades ön av sultanen av Oman.

Den arbetskraft som krävdes på platsen blev grund till en av Afrikas största slavmarknader, med bas i Bagamoyo. De flesta slavarna kom från det afrikanska fastlandet.

Bagamoyo fungerade som slutstationen för slavrutten från Ujiji vid Tanganyikasjöns strand och till Bagamoyo vid Indiska oceanen. Det innebar en vandring för slavarna på över 1200 km. Från Bagamoyo skeppades slavarna sedan vidare till Zanzibars slavmarknad.

1870 sålde den andra sultanen av Zanzibar, Sayyid Bargash ibn Said, området, den nuvarande Tanzanias kust till Tyskland.

Mellan åren 1886 och 1891 var Bagamoyo Tyska Östafrikas huvudstad. Men 1891 blev den då lilla staden Dar es Salaam, som hade en ordentlig djuphamn, huvudstad. Trots bytet av huvudstad fortsatte Tyskland under en period att bygga en hel del hus i Bagamoyo, några finns ännu kvar.

Bagamoyo minskade i betydelse när även handeln flyttade till Dar es Salaam som då också hade fått järnvägsförbindelse med inlandet, en förbindelse som ersatte de gamla handelsvägarna.